Gertrud Huber wuchs in Bayern nahe der österreichischen Grenze auf.
Sie studierte am Richard-Strauss-Konservatorium in München und an der Hochschule Nürnberg-Augsburg im Diplomstudiengang Zither sowie Harfe, Hackbrett und Jazzklarinette.
Die Musikerin blickt auf zahlreiche nationale und internationale Auftritte zurück, u. a. mit den New Yorker Philharmonikern (Leitung: Kurt Masur). Sie hat verschiedene CD-Aufnahmen, darunter die Londoner Reproduktion "The Third Man" und "Der Weg zum Herzen – Salonmusik Gertrud Huber" vorgelegt.
Beim Toni-Goth-Ensemble spielte sie über zehn Jahre die Bauernharfe.
Gertrud Huber gibt Privatstunden und unterrichtet weltweit auf Seminaren für Zither und bairische Volksmusik. Sie ist Gastdozentin an der Bundesakademie für musikalische Jugendbildung in Trossingen (Zitherlehrer-Ausbildung).
Bereits 1981 erhielt sie beim Wettbewerb "Jugend musiziert" den ersten Bundespreis für ihr Zitherspiel. Heute ist sie selbst Jurorin bei den Wettbewerben "Jugend musiziert" und beim Roland-Zimmer-Wettbewerb.
Sie engagiert sich für den musikalischen Nachwuchs u. a. als Bundesjugendreferentin beim Deutschen Zithermusik-Bund e. V. und als Prüfungsvertreterin des Verbandes deutscher Musikschulen.